Vous êtes agent de la fonction publique et vous vous demandez comment fonctionne l’arrêt maladie fonction publique ? Entre la réforme de mars 2025, la baisse d’indemnisation à 90 % et le jour de carence, les règles ont profondément changé ces derniers mois. Que vous soyez fonctionnaire titulaire, stagiaire ou contractuel dans la fonction publique d’État, territoriale ou hospitalière, il est essentiel de connaître vos droits pour ne pas être pris au dépourvu. Voici un guide complet et actualisé pour comprendre les démarches, la durée, la rémunération et les recours possibles en cas d’arrêt de travail.
Comment fonctionne le congé de maladie ordinaire dans la fonction publique ?
Le congé de maladie ordinaire (CMO) est le dispositif le plus courant. Il concerne les agents atteints d’une maladie ou victimes d’un accident non professionnel qui les empêche d’exercer leurs fonctions.
Qui peut en bénéficier ?
L’ensemble des agents publics peut être placé en congé de maladie ordinaire, à condition de fournir un avis d’arrêt de travail à son administration employeur :
- Fonctionnaires titulaires des trois versants (État, territoriale, hospitalière)
- Fonctionnaires stagiaires en cours de formation
- Agents contractuels de droit public, sous réserve de conditions d’ancienneté
Quelle est la durée maximale ?
La durée maximale du CMO est de 12 mois sur une période de douze mois consécutifs. Cette période fonctionne selon un système de droits glissants : à chaque nouvel arrêt, l’administration vérifie combien de jours d’arrêt ont déjà été posés au cours des douze derniers mois.
Concrètement, si vous avez épuisé vos droits à rémunération à 90 %, vous basculez automatiquement vers le demi-traitement. Au-delà de six mois consécutifs, la prolongation est soumise à l’avis du conseil médical.
Quelles démarches pour déclarer un arrêt maladie ?
La procédure est simple mais stricte. Vous devez :
- Consulter votre médecin qui établit un certificat d’arrêt de travail
- Transmettre l’arrêt à votre administration dans les 48 heures (les délais varient selon les collectivités)
- Respecter les heures de sortie autorisées, généralement de 10h à 12h et de 14h à 16h, sauf mention contraire du médecin
Un retard dans la transmission peut entraîner une retenue sur traitement. En cas de prolongation, un nouvel avis médical doit être fourni avant l’expiration de l’arrêt initial.
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Quelle rémunération pendant un arrêt maladie dans la fonction publique ?
C’est le point qui a le plus évolué avec la réforme du 1er mars 2025. La loi de finances pour 2025 a modifié en profondeur l’indemnisation des agents publics en arrêt de travail.
La réforme de mars 2025 : passage à 90 %
Depuis le 1er mars 2025, les trois premiers mois de congé de maladie ordinaire sont désormais indemnisés à 90 % du traitement indiciaire, contre 100 % auparavant. Cette mesure, issue de l’article 189 de la loi de finances, a été validée définitivement par le Conseil d’État le 26 mars 2026 après le rejet de plusieurs recours syndicaux.
Voici le barème actualisé pour un fonctionnaire titulaire :
- 3 premiers mois : 90 % du traitement indiciaire brut
- 9 mois suivants : 50 % du traitement indiciaire brut (demi-traitement)
Pour les agents contractuels, la situation diffère légèrement. Ils relèvent du régime général de la Sécurité sociale avec des indemnités journalières plafonnées à 1,4 fois le SMIC mensuel (soit environ 2 522 €) depuis le 1er avril 2025.
Le jour de carence : toujours fixé à un jour
Le jour de carence reste à un jour dans la fonction publique. La retenue correspondante est calculée selon la règle du trentième, au prorata du temps de travail. Malgré les débats parlementaires récurrents sur un passage à trois jours, la mesure n’a pas été adoptée dans la version finale du budget 2026.
Exceptions au jour de carence : celui-ci ne s’applique pas dans plusieurs cas précis :
- Prolongation d’un arrêt maladie pour la même affection (dans un délai de 48h)
- Grossesse : congé maladie prescrit après la déclaration de grossesse
- Accident de service ou maladie professionnelle (CITIS)
- Affection de longue durée (ALD)
- Interruption spontanée de grossesse avant la 22ᵉ semaine d’aménorrhée
Impact sur les primes et indemnités
Dans la fonction publique d’État, les primes et indemnités suivent le même barème que le traitement indiciaire : 90 % les trois premiers mois, puis 50 % ensuite. Le supplément familial de traitement (SFT) et l’indemnité de résidence sont maintenus intégralement pendant toute la durée du CMO.
Pour la fonction publique territoriale, les conditions de maintien des primes sont fixées par délibération de chaque collectivité. Il est donc indispensable de se renseigner auprès de son service RH.
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Congé de longue maladie et congé de longue durée : quelles différences ?
Au-delà du congé de maladie ordinaire, la fonction publique prévoit deux dispositifs spécifiques pour les pathologies graves qui nécessitent une prise en charge prolongée.
Le congé de longue maladie (CLM)
Le congé de longue maladie est accessible aux fonctionnaires atteints d’une maladie invalidante nécessitant des soins prolongés. Les maladies éligibles figurent sur une liste réglementaire, mais cette liste n’est pas limitative : le conseil médical peut accorder un CLM pour d’autres pathologies.
Durée maximale : 3 ans, accordé par périodes de 3 à 6 mois.
Rémunération (fonction publique d’État depuis septembre 2024) :
- 1ʳᵉ année : 100 % du traitement indiciaire + 33 % du régime indemnitaire
- 2ᵉ et 3ᵉ années : 60 % du traitement indiciaire + 60 % du régime indemnitaire
Le SFT et l’indemnité de résidence sont maintenus intégralement pendant toute la durée du CLM.
Le congé de longue durée (CLD)
Le congé de longue durée est réservé à cinq pathologies limitativement énumérées :
- Tuberculose
- Maladie mentale
- Affection cancéreuse
- Poliomyélite
- Déficit immunitaire grave et acquis
Durée maximale : 5 ans, accordé par périodes de 3 à 6 mois. Le CLD est attribué à la fin de la première année de CLM rémunérée à plein traitement.
Rémunération :
- 3 premières années : 100 % du traitement indiciaire
- 2 dernières années : 50 % du traitement indiciaire
Si la maladie a été contractée dans l’exercice des fonctions, le fonctionnaire bénéficie de 5 ans à plein traitement et 3 ans à demi-traitement.
Le congé de grave maladie (agents contractuels)
Les agents contractuels ne peuvent pas prétendre au CLM ou au CLD. Ils disposent en revanche du congé de grave maladie (CGM), d’une durée maximale de 3 ans, à condition de justifier de quatre mois d’ancienneté de services. Les conditions de rémunération sont alignées sur celles du CLM depuis le décret du 27 juin 2024.
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Le contrôle médical et les obligations de l’agent en arrêt
Pendant toute la durée de l’arrêt, l’agent public est soumis à des obligations précises. Le non-respect de ces règles peut entraîner une interruption du versement du traitement.
Les contrôles possibles
L’administration peut à tout moment faire procéder à une contre-visite médicale par un médecin agréé. L’agent est tenu de s’y soumettre. En cas de refus ou d’absence injustifiée lors de cette visite, le versement de la rémunération peut être suspendu.
Heures de sortie et activités autorisées
L’agent en arrêt maladie doit respecter les heures de présence à domicile, sauf si le médecin a prescrit des sorties libres. Il est formellement interdit d’exercer une activité rémunérée pendant un congé de maladie. Un manquement à cette règle constitue une faute disciplinaire pouvant conduire à une sanction et au remboursement des sommes perçues.
La reprise anticipée
Si l’agent souhaite reprendre ses fonctions avant la fin de son arrêt, il doit en informer son administration. En cas de rechute dans les 48 heures suivant la reprise, le nouvel arrêt est considéré comme une prolongation et n’entraîne pas de nouveau jour de carence.
Que se passe-t-il après l’épuisement des droits à congé maladie ?
Lorsqu’un agent a épuisé l’ensemble de ses droits à congé de maladie (CMO, CLM ou CLD), plusieurs situations peuvent se présenter :
- Reprise des fonctions après avis favorable du conseil médical, éventuellement à mi-temps thérapeutique
- Reclassement sur un autre poste si l’agent est déclaré inapte à ses fonctions mais apte à d’autres
- Disponibilité d’office pour raison de santé, non rémunérée mais ouvrant droit à certaines prestations
- Admission à la retraite pour invalidité si l’inaptitude est reconnue définitive et absolue, après avis du conseil médical
FAQ : les questions les plus fréquentes sur l’arrêt maladie fonction publique
Mon employeur peut-il refuser un arrêt maladie ?
Non, l’employeur public ne peut pas refuser un arrêt de travail prescrit par un médecin. Il peut en revanche demander un contrôle médical pour vérifier le bien-fondé de l’arrêt. Si le médecin contrôleur conclut à l’aptitude, l’administration peut mettre fin au maintien de la rémunération.
La réforme de 2025 s’applique-t-elle aux arrêts en cours avant le 1er mars ?
Non. La baisse d’indemnisation à 90 % ne concerne que les arrêts (initiaux ou prolongations) déclarés à compter du 1er mars 2025. Les arrêts déjà en cours à cette date restent soumis à l’ancien régime à 100 %.
Peut-on cumuler un arrêt maladie avec un congé annuel ?
Non. Un agent en congé de maladie ne peut pas poser de congés annuels. En revanche, si l’agent tombe malade pendant ses congés annuels, il peut demander la requalification de cette période en congé de maladie, sous réserve de produire un certificat médical.
Quel est le délai pour transmettre un arrêt de travail ?
Le délai réglementaire est de 48 heures. Au-delà, l’administration peut appliquer une retenue sur le traitement pour les jours non couverts. En pratique, certaines collectivités tolèrent un léger dépassement, mais il est vivement conseillé de respecter ce délai.
Les jours de carence comptent-ils dans la durée totale du congé maladie ?
Oui. Le jour de carence est décompté comme un jour de congé de maladie pour le calcul des droits, même s’il n’est pas rémunéré. Il est comptabilisé comme s’il s’agissait d’un jour indemnisé à 90 %.
Article mis à jour en avril 2026 — Sources : Service-Public.fr, Légifrance, Code général de la fonction publique, décrets n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025.